Phân hóa học vẫn chiếm tỷ trọng lớn trong canh tác nông nghiệp ở Việt Nam do hiệu quả nhanh, dễ sử dụng và phổ biến rộng rãi; nhưng việc sử dụng phân bón hóa học kéo dài đã gây ra nhiều hệ lụy nghiêm trọng cho sức khoẻ đất, môi trường, con người và hệ sinh thái. Phân bón vi sinh  chứa các dòng vi sinh vật có lợi như vi khuẩn có khả năng cố định đạm, phân giải lân và kali, sản xuất chất kích thích tăng trưởng thực vật và chống stress cho cây trồng được xem là giải pháp thay thế bền vững, giúp giảm lượng phân hóa học, tăng hiệu quả sử dụng phân bón, cải thiện khả năng hấp thu dưỡng chất, cấu trúc đất và tăng năng suất cây trồng. Tuy nhiên, còn nhiều vấn đề phải đối mặt để phân bón vi sinh có thể được ứng dụng rộng rãi trong canh tác nông nghiệp hiện nay. Do đó, nghiên cứu được thực hiện với mục tiêu tổng hợp một số kết quả ứng dụng vi khuẩn có lợi và thách thức sử dụng phân bón vi sinh trong canh tác nông nghiệp theo hướng an toàn và thích ứng với biến đổi khí hậu.