ABSTRACT

Investigating the genetic variability among natural WSSV populations is a novel approach to understand the epidemiologic characteristics of this virus. We characterized the number of repeat units (RUs) located in the variable number of tandem repeat regions (VNTRs) of ORF75, ORF94 and ORF125 (WSSV-TH strain; van Hulten et al., 2001) from 326 WSSV-DNA samples collected from 29 improved-extensive shrimp ponds. The results showed that: (i) there are 16 genotypes determined in ORF94, ranging from 3 to 18 repeat units (RUs). In which, the 10RUs (20,6%) and 11RUs (19,8%) were the most common genotypes; (ii) In ORF125, there are 14 genotypes, ranging from 3 to 17RUs. The most common genotype was 7RUs (24,9%); (iii) the compound repeat region of ORF75 displayed 10 different patterns of repeat. The pattern with 500bp was the most prevalence (51%). In the study, the obtained results suggest that different WSSV genotypes exist in the improved-extensive shrimp farming system. Tandem repeat sequence in ORF94, followed by ORF125 and ORF75 could be used to discriminate WSSV isolates in improved extensive systems.

Keywords: white spot syndrome virus, molecular marker, ORF75, ORF94, ORF125

Title:    Genotyping of white spot syndrome virus isolates from improved-extensive black tiger shrimp farming systems 

TóM TắT

Khảo sát sự đa dạng về đặc điểm gen của vi rút gây bệnh đốm trắng (WSSV) ngoài tự nhiên là một trong những phương pháp tiếp cận giúp hiểu rõ hơn về các đặc điểm dịch tể học của loài vi rút này. Nghiên cứu phân tích số lượng của các đơn vị lặp lại (RU) nằm trên các vùng lặp lại liền kề khác nhau (VNTR) của ORF75, ORF94 và ORF125 (WSSV-TH strain; van Hulten et al., 2001) từ 326 mẫu WSSV-DNA thu từ 29 ao tôm quảng canh cải tiến. Kết quả cho thấy: (i) ORF94 xác định được 16 nhóm kiểu gen WSSV, từ 3VLL đến 18VLL. Trong đó, kiểu gen có 10 VLL (20,6%) và 11 VLL (19,8%) là những kiểu gen phổ biến nhất. (ii) ở ORF125, hiện diện 14 nhóm kiểu gen WSSV, từ 3 VLL đến 17 VLL. Trong đó, 7 VLL là kiểu gen chiếm ưu thế (24,9%); (iii) ở ORF75, vùng lặp lại kép này có 10 kiếu gen được ghi nhận, trong đó 500bp là sản phẩm khuếch đại được phát hiện nhiều nhất (51%). Trong nghiên cứu này, kết quả cho thấy sự tồn tại của nhiều kiểu gen WSSV khác nhau trong mô hình nuôi tôm sú quảng canh cải tiến. Vùng lặp lại liền kề ở ORF94, kế đó là ORF125 và ORF75 có thể được sử dụng để phân biệt các dòng WSSV phân lập từ mô hình quảng canh cải tiến. 

Từ khoá: vi-rút gây bệnh đốm trắng, chỉ thị phân tử, ORF75, ORF94, ORF125