Các nhà khoa học ngoài nước đã ứng dụng thành công những thành tựu của công nghệ gen để chọn lọc và nhân giống vật nuôi có giá trị cao về thực phẩm và thuốc/dược liệu chữa bệnh cho con người. Ở Việt Nam, hầu hết các nghiên cứu về công nghệ gen được thực hiện ở qui mô nhỏ (do nguồn kinh phí còn hạn hẹp). Một số nghiên cứu lớn hơn thì mang tính rộng nhưng chưa sâu. Vì vậy, hướng ứng dụng kết quả nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất còn nhiều hạn chế. Hiện nay, giống và công tác giống vật nuôi là vấn đề được Bộ Nông nghiệp & PTNT và cả hệ thống sản xuất chăn nuôi đặc biệt quan tâm. Muốn thế công nghệ gen phải gắn kết chặt chẽ với công nghệ di truyền và các lĩnh vực có liên quan khác như miễn dịch học, hóa sinh, sinh học phân tử,... để chọn lọc nhanh những cá thể có năng suất, chất lượng và sức khỏe tốt hơn, từng bước xây dựng hoàn chỉnh hệ thống giống vật nuôi bản địa, để sản xuất chăn nuôi ngày càng bền vững và hiệu quả hơn. Trên cơ sở đó, việc ứng dụng các maker di truyền để đánh giá lại hệ thống giống vật nuôi đã được du nhập vào Việt Nam trong những thập kỷ qua cần được thực hiện, kể cả các thế hệ con lai. Dựa trên nền tảng chọn lọc cá thể để xây dựng các chương trình bảo tồn nguồn gen vật nuôi quý hiếm, đồng thời có kế hoạch khai thác tốt tiềm năng vốn có của các nguồn gen này.