Dòng cá rô đầu vuông (ĐV) xuất phát từ Hậu Giang có số lượng cá thể ban đầu ít nên đa dạng di truyền có thể thấp và giảm nhanh theo thời gian. Nghiên cứu này nhằm đánh giá sự đa dạng di truyền dựa trên chỉ thị ISSR (Inter-simple Sequence Repeat) và RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) của dòng cá này ở Hậu Giang tại hai thời điểm với hai cách quản lý đàn cá bố mẹ khác nhau. Kết quả phân tích với 7 đoạn mồi ISSR và RAPD cho thấy đàn cá rô ĐV thu năm 2012 có đa dạng di truyền (tỉ lệ dị hợp He là 0,251 ± 0,0190 và chỉ số đa dạng Shannon I là 0,390 ± 0,026) cao tương đương với cá rô tự nhiên thu ở Cà Mau. Tuy nhiên, đa dạng di truyền giảm ở đàn cá được thu năm 2014, đàn cá ở Trung tâm giống nông nghiệp (số lượng 3-4 tấn, cá được giữ riêng theo nguồn ban đầu và cho sinh sản chéo) có He và I tương ứng là 0,224 ± 0,023 và 0,337 ± 0,032. Đàn cá của hộ dân có đa dạng di truyền thấp nhất (He là 0,140 ± 0,021 và chỉ số I là 0,216 ± 0,030) do số lượng cá bố mẹ ít và được chọn từ ao nuôi thịt của nông hộ, làm tăng khả năng lai cận huyết và mất gien. Kết quả trên chứng tỏ đa dạng di truyền của cá rô ĐV giảm theo thời gian gia hóa và cách quản lý đàn cá bố mẹ.