Sầu riêng (Durio zibethinus) là một trong những giống cây ăn quả đặc sản của Việt Nam được thị trường ưa chuộng. Hiện nay có nhiều giống sầu riêng được trồng tại Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) và khó phân biệt được qua hình thái. Đề tài được thực hiện nhằm bước đầu khảo sát về mặt di truyền dựa trên DNA mã vạch và chỉ thị phân tử ISSR. Trình tự DNA của ba locus DNA mã vạch gồm ITS, matK, rpoC1 của chín giống (Ri-6, Monthong, Khổ Qua Xanh, Chín Hóa, Sữa Hạt Lép, Chuồng Bò, Bí, Musang King và Sáu Hữu) được thu từ Cần Thơ, Tiền Giang, Bến Tre và Vĩnh Long đã được giải trình tự và phân tích. Nghiên cứu đã xác định 6 SNPs của vùng ITS giữa các cá thể Ri-6-Bến Tre, Monthong-Tiền Giang, Chuồng Bò-Tiền Giang, Sữa Hạt Lép-Cần Thơ và Sáu Hữu-Tiền Giang. Đối với vùng trình tự matK tìm được 9 SNPs phân biệt được các cá thể Ri-6 (Cần Thơ và Viện Cây ăn quả miền Nam), Chín Hóa-Bến Tre, Sữa Hạt Lép-Bến Tre và Sáu Hữu-Tiền Giang. Vùng trình tự rpoC1 có độ bảo tồn cao giữa các giống trong nghiên cứu. Cây phân loại dựa trên các dấu phân tử ISSR đã tách các giống sầu riêng thành 5 nhóm và cho thấy sự khác biệt rõ của giống sầu riêng nhập ngoại Musang King-Vĩnh Long và cá thể sầu riêng Monthong-Tiền Giang.