Nghiên cứu được thực hiện tại 3 tiểu vùng sinh thái (ngập lũ, phù sa ngọt, phèn) ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) nhằm đánh giá hiệu quả sản xuất lúa theo hướng VietGAP về lợi nhuận, an toàn thực phẩm và môi trường. Nghiên cứu thực hiện tại 3 địa điểm, gồm: HTX Tân Cường, huyện Tam Nông, tỉnh Đồng Tháp (vùng bị ảnh hưởng ngập lũ); HTX Khiết Tâm, huyện Vĩnh Thạnh, TP Cần Thơ (vùng nước ngọt) và HTX Phước Trung, huyện Châu Thành A, tỉnh Hậu Giang (vùng bị ảnh hưởng phèn). Mỗi điểm thực hiện mô hình sản xuất theo hướng tiêu chuẩn VietGAP (1 ha) để so sánh với phương thức canh tác theo truyền thống của nông dân (1 ha), đồng thời thu thập thông tin từ sổ nhật ký đồng ruộng của mỗi điểm 30 hộ canh tác VietGAP và 30 hộ theo truyền thống. Kết quả phân tích, đánh giá hiệu quả kỹ thuật, tài chính và môi trường cho thấy, mô hình sản xuất theo hướng VietGAP mang lại hiệu quả kỹ thuật cao như: giảm lượng giống gieo sạ, giảm phân bón, thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) nhưng năng suất tăng 2%; lợi nhuận tăng 28%; số lần phun thuốc BVTV giảm và lượng thuốc BVTV tồn dư dưới ngưỡng cho phép trong hạt lúa cũng như không lưu tồn kim loại trong đất, nước cuối vụ. Như vậy, sản xuất lúa theo hướng VietGAP mang tính bền vững do bảo đảm tăng lợi nhuận, an toàn thực phẩm và môi trường.