Sản xuất lúa và chăn nuôi heo đã góp phần thúc đẩy kinh tế đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) và cả nước phát triển. Tuy nhiên, với thói quen sử dụng nông dược quá liều đã làm tăng dư lượng thuốc trừ sâu trong bùn đáy và nước mặt ở các kênh nội đồng và cao hơn ở khu vực canh tác lúa 3 vụ so với 2 vụ/năm, đã đưa đến hệ lụy là suy giảm thành phần loài động vật đáy trên kênh rạch, so với kênh nội đồng và ruộng lúa với giá trị thể hiện tương ứng là 43, 32 và 15 loài. Các giải pháp như thay đổi cơ cấu mùa vụ, xây dựng và phát triển các mô hình sản xuất giảm thiểu dư lượng thuốc bảo vệ thực vật tại nguồn, sử dụng thuốc an toàn và hiệu quả đã được khuyến cáo thực hiện. Bên cạnh cây lúa, chăn nuôi đã góp phần phát triển kinh tế địa phương. Mặc dù có trở ngại về giá cả nhưng chăn nuôi heo qui mô nông hộ ở các tỉnh trong khu vực vẫn đang được phát triển, theo đó ô nhiễm chất hữu cơ và vi sinh trên các sông rạch đang rất trầm trọng đây là thách thức không nhỏ đối với ngành chăn nuôi cả nước nói chung và ĐBSCL nói riêng. Áp dụng mô hình khí sinh học (túi ủ biogas) để xử lý chất thải chăn nuôi qui mô nông hộ là giải pháp hợp lý và bền vững ở vùng nông thôn ĐBSCL. Mô hình khí sinh học không chỉ cung cấp khí sinh học phục vụ cho đun nấu mà còn giảm thiểu được ô nhiễm môi trường góp phần cải thiện thu nhập nông hộ.